Vzhledem k značně odborné náročnosti předkládaného projektu na budování výzkumných týmů v oblasti hraničního výzkumu budou vnitřní postupy řízení, organizace a kompetence nastaveny následujícím způsobem:
Garant projektu (Prof. RNDr. Radek Zbořil, Ph.D., generální ředitel RCPTM) - zodpovědný za organizaci, řízení, ekonomické vedení a dodržování plnění časového harmonogramu projektu. V jeho kompetenci je návrh kontrolních dnů, na nichž bude realizační tým hodnotit plnění jednotlivých etap projektu. Očekává se konání 4 kontrolních dnů/rok. Během doby trvání projektu bude v interakci s vědeckým ředitelem RCPTM (Doc. RNDr. Ondřej Haderka, Ph.D.) stanovovat priority dalšího možného směru spolupráce a vývoje daných témat v oblasti hraničního výzkumu. Společně budou kontrolovat zapojení Zahraničních odborníků do pracovních skupin.
Manažer projektu (Mgr. Pavel Tuček, Ph.D.) bude zodpovědný za přípravu podkladů pro monitorovací zprávy, koordinaci spolupráce mezi výzkumným týmem RCPTM a projektovým servisem UP, za organizační a věcnou koordinaci všech aktivit spojených se začleněním zahraničních vědců do výzkumných aktivit RCPTM. Dále bude zodpovědný za realizaci klíčových aktivit 3 (zahraniční cesty, stáže) včetně zapojení studentů do projektu.
Projektový servis UP má zkušenosti s řízením velké řady projektů podpořených Evropským sociálním fondem, proto bude zajišťovat věcný a finanční management projektu. Bude zajišťovat dohled nad finanční stránkou projektu, hlídat čerpání rozpočtu projektu, tak aby bylo v souladu s pravidly pro čerpání dle příručky pro příjemce OP VK, pravidelně vyhotovovat přehledy čerpání a vést projektový archiv. Pravidelně bude dohlížet na plnění monitorovacích indikátorů projektu a bude zajišťovat přípravu pravidelných monitorovacích zpráv. Bude se účastnit na případných kontrolách projektu.